目前鱼缸的过滤形式常见的有“上部过滤、底缸过滤、内置式过滤器、底沙过滤、外置过滤桶”其中“上部过滤、底缸过滤”是家用鱼缸常见的两种过滤形式。

大多数成品鱼缸配套的过滤方式就是上部过滤；在鱼缸顶部放置过滤槽，过滤槽内放置物理以及生化滤材用品（物理过滤的滤材通常是指过滤棉，生化滤材是指玻璃环、生化球、细菌屋，生物环，生化棉等），接着潜水泵将水抽入过滤槽，过滤槽的水再经过生化棉，活性炭等过滤物质，接着再由过滤槽底部的出水口流回到鱼缸内。

这就是上部过滤的基本设计。但是上部过滤体积比较小，滤材少，所以过滤效果不太理想，顶部过滤系统又或多或少的遮挡了灯光影响照明的效果。而且在外观上不太美观。但是上部过滤系统的优点就是清洗方便，过滤槽内的滤材很脏的时候，可以很方便地取出进行清洗。

鱼缸底下放置过滤系统，主要组成部分是由溢流区用于下水，滤缸放置滤材，潜水泵循环；溢流区下水是确保鱼缸的水不会直接流到过滤系统的其他部件里。

也正因如此在水泵断电停止运作的时候，鱼缸的水不会继续往过滤系统里流的原因。 进而滤缸装载大量过滤水质的滤材，通常形状是圆桶和箱体。潜水泵直接带动整个过滤系统的水流循环，是所有过滤系统的灵魂。

整体的底滤系统的工作原理就是当潜水泵转动后，水泵区内的水会顺着上水管流到鱼缸里，而鱼缸的水位会不断上升，当水位上升超过溢流区的溢流板就会流到溢流区。

而溢流区底部是由一条下水管连接着过滤的物理区，所以溢出鱼缸的水就流到溢流区再流往物理区。水经过物理区之后再进行一次溢流到水位更底的生化区，生化过滤后再流回水泵区。

底缸过滤因盛放滤材的空间大，所以硝化过滤功能强，比较适合饲养中、大型鱼，且清洁、更换滤材便利。但对水泵的功率要求较高，功耗大且噪音较大。但是目前自动调节换频的静音潜水泵基本都能解决功耗和噪音大的问题。